Nhận thức được giá trị lớn lao của kho sách Hán Nôm và ý nghĩa của ngành Hán Nôm, Viện Nghiên cứu Hán Nôm trong thời gian qua đã hướng nghiên cứu khoa học tập trung vào các vấn đề sau:

1- Để góp phần xây dựng cơ sở lý luận khoa học cho ngành Hán Nôm, vạch ra những định hướng phát triển trong từng thời kỳ, Viện đã tập trung biên soạn những công trình mang tính chất cơ sở lý luận khoa học và tổng kết những thành tựu chung của ngành Hán Nôm học Việt Nam. Hướng việc nghiên cứu khoa học chuyên ngành nhằm giới thiệu tinh hoa văn hoá dân tộc, những tri thức khoa học của ông cha trải hàng ngàn năm dựng nước và giữ nước, làm phong phú bản sắc văn hoá dân tộc, góp phần vào sự nghiệp xây dựng nền văn hoá Việt Nam tiên tiến đậm đà bản sắc dân tộc trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước.

Trong thời gian qua, Viện đã biên soạn một số công trình, có thể kể như: Thư tịch cổ nhiệm vụ mới (Nguyễn Đổng Chi chủ trì), Dịch từ Hán sang Việt một khoa học một nghệ thuật (tập thể), Một số vấn đề văn bản học Hán Nôm (tập thể), Lịch sử thư tịch Việt Nam (Nguyễn Văn Bên chủ biên), Nghiên cứu chữ huý Việt Nam qua các đời (Ngô Đức Thọ), Hồ Xuân Hương-Tiểu sử văn bản, Tiến trình huyền thoại dân gian hoá (Đào Thái Tôn), Những vấn đề văn bản Quân trung từ mệnh của Nguyễn Trãi (Nguyễn Văn Nguyên), Nghiên cứu văn bản học Đăng khoa lục Việt Nam (Nguyễn Thuý Nga), Văn học chữ Hán trước thế kỷ X (Trần Nghĩa), Viện Nghiên cứu Hán Nôm - 30 năm xây dựng và phát triển (Trịnh Khắc Mạnh chủ trì), Ngữ văn Hán Nôm gồm 4 tập (Trần Lê Sáng chủ biên), Nhìn lại Hán Nôm học Việt Nam thế kỷ XX (Trịnh Khắc Mạnh và Trần Nghĩa chủ trì), ấn chương Việt Nam (Nguyễn Công Việt), v.v..

2- Nghiên cứu về văn tự, đặc biệt là chữ Nôm - loại chữ do ông cha ta sáng tạo ra, góp phần nghiên cứu lịch sử chữ viết và tiếng Việt. Chữ Nôm Việt là một sáng tạo rất có ý nghĩa về văn hoá của ông cha ta. Chữ Nôm ra đời đánh dấu một bước phát triển quan trọng của nền văn hoá dân tộc trên con đường độc lập tự chủ. Công tác nghiên cứu về văn tự mà nổi trội là nghiên cứu về chữ Nôm của Viện trong thời gian qua đã đạt được những thành tựu to lớn. ở đây chúng tôi xin nêu hai vấn đề cơ bản sau:

+/ Nghiên cứu về văn tự, về chữ Nôm Việt; các công trình của Viện đã tập trung nghiên cứu về âm tiết và loại hình ngôn ngữ, khảo sát quá trình hình thành và phát triển chữ Nôm, cùng kết cấu nội tại của chữ Nôm, cách đọc chữ Nôm, mối quan hệ giữa chữ Nôm và tiếng Việt. Về lĩnh vực nghiên cứu văn tự và chữ Nôm, Viện đã tổ chức biên soạn các công trình, như: Âm tiết và loại hình ngôn ngữ (Nguyễn Quang Hồng), Nghiên cứu chữ Nôm Tày (Cung Văn Lược), Các phương thức biểu âm trong cấu trúc chữ Nôm Việt (Nguyễn Tá Nhí), Các Phương thức biểu ý trong cấu trúc chữ Nôm Việt (Lã Minh Hằng), Mối tương quan giữa âm Hán Việt và âm Nôm trong cách đọc chữ Nôm (Trương Đức Quả), Chữ Nôm và tiếng Việt qua bản giải âm Phật thuyết đại báo phụ mẫu ân trọng kinh (Hoàng Thị Ngọ), Chữ Nôm và tiếng Việt qua văn bản Thiên Nam ngữ lục (Nguyễn Thị Lâm), Truyền kì mạn lục-Nghiên cứu văn bản và vấn đề dịch Nôm (Hoàng Hồng Cẩm),v.v..

+/ Về việc phiên âm các văn bản Nôm, Viện đã tập trung phiên âm các tác phẩm có giá trị văn chương, nhằm cung cấp một cách nhìn toàn diện về văn học Việt Nam thời trung đại, có thể kể như: Quốc âm thi tập (Cao Hữu Lạng), Hồng Đức quốc âm thi tập (tập thể), Ngọc kiều lê (Kiều Thu Hoạch), Thiên Nam minh giám (Hoàng Thị Ngọ), Thiên Nam ngữ lục (Nguyễn Thị Lâm), Lục Vân Tiên (Trần Nghĩa), Truyện Kiều (Đào Thái Tôn), Di văn chùa Dâu (Nguyễn Quang Hồng chủ biên), Thơ Nôm Hàn luật (Nguyễn Tá Nhí chủ biên), v.v.

+/ Tham gia xây dựng bảng mã chữ Nôm và đưa chữ Nôm vào bảng mã chuẩn quốc tế IRG/ISO, tổng số chữ Nôm Việt đã đưa vào kho chữ chung hiện nay là 9299 chữ, trong đó số chữ Nôm không trùng hình với chữ của các nước trong khu vực khoảng 4200 chữ. Tiếp tục sưu tầm và vẽ chữ Nôm để đưa vào bảng mã chuẩn quốc tế (gồm chữ Nôm Việt và chữ Nôm Tày), kế hoạch sẽ đưa thêm khoảng hơn 2.000 chữ mới.

3- Biên soạn những bộ sách công cụ, nhằm góp phần tạo nên những phương tiện tra cứu khi tiếp cận di sản Hán Nôm cho các nhà nghiên cứu khoa học xã hội và nhân văn nói chung và nghiên cứu Hán Nôm nói riêng. Việc biên soạn các sách công cụ phản ánh kết quả nghiên cứu và trình độ trưởng thành về khoa học, trong thời gian qua Viện đã tập trung biên soạn một số loại sách công cụ về chữ Hán, chữ Nôm, về địa danh, về sách thư mục, về các tác gia Hán Nôm, về những người đỗ đạt, v.v., có thể kể như: Từ điển chữ Nôm (Nguyễn Quang Hồng chủ biên), Từ điển chữ Nôm Tày (Viện phối hợp với các chuyên gia nghiên cứu chữ Nôm Tày ở Cao Bằng), Từ điển Hán Việt (Phan Văn Các chủ biên), Từ thường dùng trong Hán văn cổ (Phan Văn Các), Đối chiếu chữ Hán thể triện, thảo, khải (Trịnh Khắc Mạnh - Nguyễn Văn Nguyên), Tên làng xã Việt Nam (Dương Thị The - Phạm Thị Thoa), Bảng tra thần tích theo làng xã (Nguyễn Thị Phượng chủ biên), Di tích lịch sử văn hoá Việt Nam (Ngô Đức Thọ chủ biên), Các nhà khoa bảng Việt Nam (Ngô Đức Thọ, Nguyễn Thuý Nga, Nguyễn Hữu Mùi), Di sản Hán Nôm - Thư mục đề yếu gồm 3 tập (Trần Nghĩa chủ biên), Thư mục Hán Nôm - mục lục tác giả (Dương Thái Minh), Thư Mục Văn bia (Hoàng Lê chủ biên), Văn khắc Hán Nôm Việt Nam (Nguyễn Quang Hồng chủ biên), Tên tự tên hiệu các tác gia Hán Nôm Việt Nam (Trịnh Khắc Mạnh), v.v.

4- Tiến hành khai thác và biên dịch những bộ tùng thư theo chuyên đề, nhằm xã hội hoá ngày càng nhiều các tư liệu Hán Nôm, giúp cho các thế hệ người Việt Nam hôm nay hiểu được giá trị đích thực của văn hoá truyền thống trong lịch sử. Một số bộ tùng thư mà Viện đã triển khai trong thời gian quan, có thể kể như: Tổng tập tiểu thuyết chữ Hán Việt Nam gồm 4 tập (Trần Nghĩa chủ biên), Thư tịch Hán Nôm về nghề nông cổ truyền (tập thể), Phụ nữ Việt Nam qua thư tịch Hán Nôm (Đỗ Thị Hảo chủ biên), Thơ đi sứ (tập thể), Tổng tập văn khắc Hán Nôm Việt Nam 3 tập (tập thể), Văn bia thời Mạc (Đinh Khắc Thuân), Văn bia Hà Nội (tập thể), Bia Văn miếu Hà Nội (Ngô Đức Thọ chủ biên), Tục lệ Lạng Sơn (Hoàng Giáp chủ biên), Văn bản thần tích Thái Bình (Mai Hồng), Các văn pháp luật Việt Nam thời phong kiến (Nguyễn Ngọc Nhuận chủ biên), Văn bia đề danh tiến sĩ Việt Nam (Trịnh Khắc Mạnh), Thư tịch gia phả (Nguyễn Hữu Tưởng), Tổng tập thác bản văn khắc Hán Nôm Việt Nam 36 tập (tập thể),v.v.

5- Tiến hành biên dịch và giới thiệu các tác gia Hán Nôm ưu tú và các tác phẩm Hán Nôm có giá trị trong chiều dài lịch sử văn hoá Việt Nam.

Trong những năm qua, Viện đã triển khai các hệ thống đề tài nghiên cứu giới thiệu tác gia, tác phẩm Hán Nôm, phần nào đáp ứng những thông tin thời sự, cập nhật của chuyên ngành Hán Nôm; việc làm này, không chỉ đối với các tác gia Hán Nôm nổi tiếng, mà kể cả các tác gia khác. Viện đã biên dịch và giới thiệu một số tác gia, tác phẩm, có thể kể như: Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh, của Ngô Thì Nhậm (Hà Thúc Minh), Thơ văn Phan Huy ích gồm 3 tập (Nguyễn Ngọc Nhuận giới thiệu), Thơ văn Nguyễn Trãi (Nguyễn Đổng Chi chủ biên), Đại Việt sử ký tục biên (Ngô Thế Long và Nguyễn Kim Hưng), Thơ văn Đoàn Nguyễn Tuấn (Nguyễn Tuấn Lương chủ biên), Thơ văn Ninh Tốn (Hoàng Lê chủ biên), Thơ văn Lê Thánh Tông (Mai Xuân Hải chủ biên), Lê quý dật sử (Phạm Văn Thắm), Trùng san Lam Sơn thực lục (Trần Nghĩa), Thơ văn Nguyễn Cao (Phan Văn Các), Hội Tao đàn (Nguyễn Văn Bến chủ biên), Nghệ An ký (Nguyễn Thị Thảo), Thơ chữ Hán Lê Thánh Tông (Mai Xuân Hải chủ biên), Thơ văn Nguyễn Đề (Nguyễn Thị Phượng chủ biên), Lịch triều tạp kỷ (Hoàng Văn Lâu), Diệu Liên thi tập (Đỗ Thị Hảo) ứng Khê thi văn tập (Nguyễn Thị Oanh), Đại Việt sử ký tiền biên (Lê Văn Bảy, Phạm Thị Thoa, Dương Thị The), Ô châu cận lục (Trịnh Khắc Mạnh - Nguyễn Văn Nguyên), Phạm Đình Hổ tuyển tập thơ văn (Trần Kim Anh), Hồ Xuân Hương (Đào Thái Tôn), Cổ duệ từ (Phan Văn Các), Minh Mệnh chiếu dụ (Trần Văn Quyền), Đặng gia thế phả (Trần Lê Sáng, Nguyễn Huy Thức, Nguyễn Hữu Tưởng), Cổ tâm bách vịnh (Mai Xuân Hải), Truyền kỳ mạn lục (Nguyễn Quang Hồng), Thiên Nam ngữ lục (Nguyễn Thị Lâm), Đoạn trường lục (Phan Văn Các), Diệu Liên thi tập (Đỗ Thị Hảo),Việt sử cương mục tiết yếu (Hoàng Văn Lâu), v.v..

6- Ngoài ra, còn có thể kể tới hàng chục công trình khác trực tiếp hoặc gián tiếp liên quan tới Hán Nôm đã được công bố, do sự nỗ lực và năng động của cán bộ Viện Nghiên cứu Hán Nôm trong mối quan hệ hợp tác với các cơ quan và các địa phương trong cả nước, như Tây Dương Gia Tô bí lục, Lượn Cọi, Truyện Thạch Sanh, Dương Từ - Hà Mậu, Phạm Thận Duật, cuộc đời và tác phẩm, Quốc triều hương khoa lục, Làng Đại Bái gò đồng, Văn Lãng huyện biên giới, Đền bà Chúa kho, Văn bia Lạng Sơn, Văn bia Hà Tây, Hương ước cổ Hà Tây, Việt âm thi tập, Những điển tích Phật giáo kì thú, Từ điển Chu dịch, Nhật Bản linh dị ký, Đường thơ một thuở, Góp phần tìm hiểu lịch sử ca trù, Hà Nội làng phố làng nghề, Truyện Kiều nghiên cứu văn bản và thảo luận, Lý luận văn học cổ Trung Quốc, Tùng Thiện Vương Miên Thẩm, Người Hà Tây trong làng khoa bảng, Một thế kỷ sưu tầm văn hoá dân gian và nhiều sách tái bản khác, v.v.